No futuro, eles seriam os únicos pentacampeões, mas naquele momento, ACBF e Jaraguá, as maiores potências do futsal brasileiro, decidiram pela primeira vez a Liga Futsal. E quem levou a melhor foi o time laranja, naquele momento tricampeão.
A Liga Futsal 2006 foi disputada novamente em quatro fases com vinte equipes participando. Dos 1.393 gols marcados, 25 foram do goleador Marinho, da Intelli. A final foi disputada em três jogos após uma vitória para cada lado. Na grande decisão, 5 a 2 para a ACBF. Detalhe para os dois gols do Jaraguá anotados por Xande, atual treinador campeão pela Locomotiva Amarela.
Participantes daquela edição: Minas, Cascavel, Umuarama, Cabo Frio, Macaé, Poker/Petrópolis, Atlântico, ACBF, UCS, Cortiana/AFF, John Deere Futsal, Ulbra, Chapecó, Krona, Jaraguá, Unisul, Banespa, Intelli, São Caetano e São Paulo.